Bio-Minds Poster Day
A mediados de marzo tuve la oportunidad como todos mis compañeros de no solo presentar nuestros trabajos, sino admirar el de los demás. Me asignaron tres compañeros para visitar sus poster; A.Velazquez, G. Hernandez Garcia y A. J Agosto. Dos de estos trabajaban con microbiologia y uno en biologia molecular, respectivasmente.
A. Velazquez trabajaba con extremofilos en las aguas termales de Coamo. Su meta era clonar una proteina que tienen estos extremofilos que es util en la produccion de glucosa y ethanol. Su poster cumplia con todos los requisitos y ella estaba muy preparada a la hora de contestar preguntas.
G. Hernandez comparaba dos cepas distintas de Bacillus subtilis y su condiciones en los biofilms. Ella estudiaba el pH en el crecimiento de ambas cepas y encontro que la cepa mutante era mas acidica que la otra. Ella va a seguir estudiando los cambios en pH en estos biofilms utilizando otras tecnicas. Encontre este estudio muy interesante aunque no tuviera unas aplicaciones tan extremas. ella tambien estava muy preparada para contestar dudas.
Finalmente, vi el poster de A.J Agosto, una de las estudiantes de UPR de Rio Piedras que hablo alfrente. Ella esta trabajando con su proyecto desde mucho antes del programa Bio-Minds y tenia muchos resultados. Creo que fue una de las investigaciones mas complicadas que llegue a ver. Aun asi, ella estaba muy bien preparada. Su investigacion estudia dos proteinas que tienen que ver con la traduccion del mRNA. Ellos proponen que estas dos proteinas que estudian (Mex67p y Upf1p) se comunican en el citoplasma para facilitar la traduccion del mRNA. Su poster fue uno de los mas interesantes y ella estaba muy preparada.
Aunque, me hubiera gustado que el tiempo diera para ver los trabajos de mas compañeros, creo que la actividad fue un buen final para esta ronda de Bio-Minds. Se pudo observar la pasion por las ciencias y que el programa no fue en vano.
Gracias por la oportunidad!!!
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Abstract:
Cloning and Expression of hCen2 and interacting proteins The Centrin family is known as calcium binding proteins that participate in cell division. Specifically, hCen2 is expressed in somatic cells and is implicated in the centrioles’ biogenesis. mRNA splicing takes place in a complex called the spliceosome. The spliceosomes assembly is mediated by small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs). It is with these snRNP’s that BP1* interacts genetically and physically. Human Sfi1 is a large protein of 1,242 amino acids located in the centrosome, that plays an essential role in the cell’s cycle progression and the assembly of the mitotic spindle. BP1 and hSfi1 interact with the Centrin family, our main protein of interest. hSfi1 has been proven to physically interact with centrin at some of its 23 repetitive domains. The final goal of this research is to generate full length hSfi1, generate BP1 protein for further biophysical analysis during its interaction with centrin; also, to generate large scales of hCen2 to continue studies with centrin. BP1 was successfully amplified by PCR (Polymerase Chain Reaction) and cloned into the expression vector pET-100. hSfi1 was effectively amplified by PCR and cloned into the expression vector pGEX 6p-1. The resulting recombinant clones were transformed into BL21(DE3) RIL containing additional codons for the amino acids Arginine, Isoleucine and Leucine and BL21(DE3) E. coli cells. These bacterial cells were grown up to log phase and induced with IPTG, for the expression of the desired protein. Apparently, hSfi1 was successfully induced in the BL21(DE3) cells compared to the BL21(DE3)RIL cells. This cloning and expression work will generate a GST-hSfi1 fusion protein that may be easily purifed using Glutathione affinity chromatography. The bacterial cells that had hCen2 were grown up to log phase and induced with IPTG, for the effective expression of hCen2. This large scale expression of hCen2 will generate enough protein that could be purified using its calcium binding properties in chromatography. NIH-MBRS-SCORE Program-SO6GM08103. This research is also funded by PR-LSAMP Bridging to doctorate. *; BP1 is not the real protein’s name, this has been change due to confidentiality of experimentation.
Evaluacion de mi progreso:
En el pasado mes considero mi progreso en una escala del 1-5; un 2 (he logrado al menos un 10%). Esto se debe a que este mes estuvimos ocupados trabajando con el simposio de 2D-COS que estaba organizando mi profesora. Este fue el fin de semana del 20-22 de Febrero y yo estuve encargada de trabajar con los posters de bienvenida y de la programación. Asi que se le dedico menos tiempo a la investigación como tal, pero esta no fue olvidada. Empecé a practicar y a leer la teoría de cromatografía. Espero comenzar pronto a trabajar arduamente en mi proyecto, ya que en el mes de marzo tendre que asistir además de las Presentaciones de Posters de Bio-Minds, también asistiré al Junior Technical Meeting (PRISM). Dado al tiempo que consumió el simposio sé que voy a tener que trabajar más fuerte este mes para lograr las metas propuestas.
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Nuevos retos, Nuevas metas
¡Saludos a todos! Este semestre estaré trabajando en un área distinta a otros semestres. Continuare trabajando con la Dra. Pastrana, pero empezare a trabajar en el área de purificación de proteínas. Aquí voy a empezar a utilizar el TFF (tangential flow filtration) para concentrar las muestras de proteína y luego pasarlas por las columnas de cromatografías para purificar. Ya comencé esta semana a trabajar en el laboratorio y a recibir entrenamiento en el procedimiento.
Las metas que planeo alcanzar este semestre son; -Dominar la técnica de purificación.
-Purificar satisfactoriamente hCen2 tanto en su forma normal como mutantes.
- Ayudar con el proceso de purificación de otras proteínas de interés.
- Continuar ayudando, cuando sea necesario con el bio-reactor.
El trabajo de este semestre se puede considerar continuación de los trabajos hechos en pasados semestres, ya que muchas de las muestras que yo voy a purificar, son muestras que yo misma logre obtener por transformación bacteriana y expresión a grande escala (con el bio-reactor). Este semestre estaría trabajando con la segunda parte de la investigación; tratando de conseguir muestras puras de las proteínas para poder continuar con los estudios biofísicos. Como parte de mis nuevas responsabilidades tendré que aprender a utilizar las columnas de cromatografía, saber cuál es la matriz que debo utilizar, cuales son los tiempos en que saldrá nuestra proteína. También estaré utilizando un instrumento para concentrar la muestra conocido como el TFF (tangential flow filtration), este separa por presión, diferencias en tamaño y carga lo que es la muestra cruda para obtener la parte que deseamos de la muestra. Esto hace que lo que deseamos quede en un envase con menos volumen, mientras los desperdicios son desechados en otro lugar. Antes de que esto se lleve a cabo la muestra tiene que haber pasado por una serie de lisis y diferentes buffers.
Bueno, esto es un resumen de lo que estare haciendo este semestre. Por favor, no duden en contactarse conmigo si tienen alguna pregunta o si compartimos proyectos similares.
Hasta luego!!!
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Semestre muy interesante
Este semestre tenía como meta clonar y expresar la proteína BP1, este proceso no llegó a su fin por complicaciones en la transformación de las bacterias. Tras lograr amplificar nuestra banda deseada con la técnica del PCR, a la hora de transformar las células, éstas no crecían. Pasamos por muchos momentos pensando en posibles soluciones y llegamos a la conclusión de que era el que los reactivos pasaran tanto tiempo a diferentes temperaturas. Luego de meses modificando el procedimiento del PCR, logramos aumentar la cantidad de células transformadas. Cuando utilizamos todo los reactivos nuevos e hicimos todos procedimientos corridos, conseguimos una mayor cantidad de células transformadas. Aun así esta cantidad no era vasta. Este proyecto no quedo suspendido, sino que pasó a una faceta de investigación literaria; en la cual estamos leyendo artículos científicos para encontrar posibles soluciones a nuestro dilema de transformación bacteriana. Mientras esto está en proceso, yo estoy ayudando con la expresión de proteínas a grande escala en un bio-reactor. Actualmente, logré la expresión de hCen2, una de nuestras proteínas de interés. Ésta puede seguir a ser purificada utilizando su propiedad de enlazarse al ión de calcio. Este semestre creo que fue uno muy retador. Es la primera vez que me encontraba en la situación de no obtener los resultados deseados, tras varios intentos.
Para el próximo semestre pienso proseguir y alcanzar la clonación y expresión efectiva de BP1. Además, me gustaría seguir trabajando con la expresión a grande escala de proteínas.
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Try and try again!
Hola a todos!
El tema de este blog se supone que sea como los resultados de mi proyecto hasta ahora han contribuido a la sociedad científica. Esto es un poco complicado porque si soy sincera este semestre hemos estado un poco atrasados con respecto a las metas propuestas y no fue hasta hace una semana que nuestro resultado de PCR dio signos de ser prometedor.
Si tuviera que aplicarle una contribución científica, diría que esta estaría en los dont’s de los experimentos. Pues, con los errores aprendimos que nuestro resultado saldría mejor si empezábamos con todos los reactivos e ingredientes nuevos en vez de seguir inventando con los plásmidos, buffers y polimerasas ya pasadas de semana a semana por distintos cambios de temperatura. Fue con todo lo más fresco 
posible que nos salió un resultado correcto en el PCR y con el cual podremos seguir adelante con un Colony PCR y en un futuro lograr una extracción de nuestra proteína.
Ha sido un poco frustrante para mi ver como semana tras semana nuestro resultado no salía y estoy muy contenta que por fin se estén viendo resultados positivos. Entiendo que de los errores podemos aprender mucho , además de desarrollar paciencia y perseverancia.
Si tengo que dividir los resultados en positivos y negativos, diría que los negativos han sido cuando hemos extraído una banda de la gel que después de seguir los procedimientos adecuados y transformarla en la bacteria, estas no crecían. Luego de repetir todos los pasos una y otra vez nos dimos cuenta que no era un error de las personas trabajando, simplemente era como mencione al principio, los efectos de cambios en temperatura. Con este dato logramos empezar de nuevo el procedimiento con todos los ingredientes frescos y con la idea de hacerlo todo corrido y no poco a poco. Los resultados positivos todavía están por verse, por que las transformaciones empezaron a salir hace poco, aunque considero la optimización del procedimiento un resultado positivo.
Hasta luego!!!
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Como parte del blog de este mes tengo que hablar de una técnica que he aprendido a utilizar en el laboratorio. La técnica que he escogido es la de Polymerase Chain Reaction (PCR), es una técnica que llevo utilizando desde hace mucho tiempo ya, pero dado a mi parte en el proyecto seguiré utilizando por mucho más tiempo. Esta vez la estoy utilizando para amplificar los fragmentos de DNA para producir la proteína Prp40. Con la técnica de PCR amplificamos una sección específica de DNA que es de nuestro interés, esto se logra con 4 pasos en los que se varía la temperatura y tiempo hasta lograr amplificar solo lo 
deseado. Creo que en blogs pasados he incluido otra información acerca de la técnica de PCR, así que siéntanse en libertad de hojearlos.
En cuanto al progreso que he logrado con mis metas establecidas anteriormente, creo que lo pondría entre un 3 y un 4, ya que aunque mis metas fueron cumplidas siento que esto se debió a que eran un poco ambiguas y no muy detalladas. Ya he logrado amplificar el pedazo de DNA, ahora comenzaremos con la transformación a la célula y ver si es expresado por esta.
Las dificultades que he tenido en este nuevo semestre se pueden resumir a el hecho de que hay mucha más gente trabajando en el laboratorio a cargo de la misma supervisora. Esto ha sido una dificultad porque es mucho más complicado encontrar tiempo para hablar con esta y muchas veces las dudas y las planificaciones de experimentos se acumulan. Esta pequeña dificultad la he tratado de sobrepasar estando mejor preparada cuando llego al laboratorio, lista para empezar. Tomando de mi tiempo fuera del laboratorio para leer cualquier información que me pueda ayudar y aprovechando cualquier minuto libre de la supervisora.
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Mi verano y este semestre
Saludos!! Después de tan larga pausa sin escribir, les cuento que este verano estuve de interna en el USGS (United States Geological Survey) en Virginia. Mi trabajo era correr unas muestras de suelo de los Everglades y hacer un análisis de los químicos que se encuentran en estos. No se si lo saben, pero cerca a los Everglades hay áreas designadas para propositos de agricultura. Cuando ellos utilizan químicos (ya sea de fertilizantes o pesticidas) estos terminan pasando por los canales y llegando a los Everglades. Esto causa un exceso de nutrientes en los Everglades y es dañino para la flora nativa y la fauna. Este verano yo tuve la oportunidad de colaborar con ese proyecto y en mi tiempo libre también, ayudaba a un científico en un laboratorio de “trace elements”; el cual se maneja con sumo cuidado y limpieza, pues se quiere evitar la contaminacion de los experimentos que se llevan a cabo. La pase muy bien y aprendí a trabajar con nuevos instrumentos de laboratorio. Fue una experiencia muy buena, conoci mucha gente nueva y a pesar de que son laboratorios del gobierno se trabaja y se aprende similarmente a un laboratorio en la universidad. 
Al llegar este semestre , en mi investagion regular, entiendo que seguire trabajando con las mismas tecnicas que el semestre pasado, estas incluyen; PCR, Colony PCR y Electroforesis. La única diferencia es que trabajare con un vector distinto, que en este momento todavía no estoy muy segura de cual será. Espero al culminar este semestre haber logrado clonar y expresar la nueva proteína con menos intentos que en el pasado semestre.
Aqui le incluyo algunos links y fotos que tienen que ver con mi trabajo este verano;
USGS Fact Sheet 109-03: Impacts of Sulfate Contamination on the Florida Everglades Ecosystem
E:\Melody’s Presentation USGS.ppt
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Etiquetas: bio-minds, bioblog, Melody Marie Lopez
Barreras y expectativas
Este semestre aprendi distintas tecnicas que se utilizan para clonar y expresar una proteína. Tuve la oportunidad de empezar desde cero y aprender:
- - La digestión de un vector con enzimas
- - La transformación de las celulas con un plasmido
- -Las técnicas de Polymerase Chain Reaction (La cual lleve a cabo para verificar si el inserto estaba en las colonias)
Algunas de las barreras que encontre fue el tener que repetir el procedimiento muchas veces hasta lograr el resultado deseado. Muchas veces cambiando el tiempo o la cantidad de reactivo y siempre trabajando con pocas cantidades(microlitros). Otra barrera que encpontre fue el analizar artículos científicos, ya que su vocabulario es muchas veces muy complicado, pero a la misma vez son esenciales al hacer investigación.
El hecho de que los procedimientos se tuvieran que repetir tanto lo supere, tomandolo como una oportunidad para perfeccionar muchas de las técnicas y aprendiendo ha tener paciencia, pues hacer investigacion es algo que toma tiempo. Para los articulos cientificos, aprendi a leerlos empezando por solo leer el abstract y la parte de interes y no confundiendome con temas que no eran de mi interes. Otro detalle fue que comence a leer artículos que hablaron de algo que yo ya hubiera llevado a cabo, asi ya sabia de que hablaban.
Mis expectativas para el semestre proximo en la investigación son; seguir adelante con mi proyecto, tal vez empezar a trabajar con otra proteina o método de expresión.
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De visita por los blogs
Esta vez tuve la oportunidad de visitar tres blogs asignados por Bio-Minds. Uno de ellos resulto ser el de mi amiga Elizabeth, la cual trabaja con una especie de mime estudiando unos neurotransmisores. Los otros dos blogs asignados fueron muy interesantes también; uno era sobre el estudio de los alcoholes quirales y el otro acerca del estudio de suelos y ambos explicaban con detalle su investigación, pero ha la misma vez aunque no tenian nada que ver con mi investigación fui capaz de comprender sus ideas. Esta actividad me dio la oportunidad de ver otras investigaciones que se estan llevando a cabo y relacionarme con mis compañeros aun más. Con esta actividad aprendí que aunque no estemos investigando lo mismo y tal vez estemos en distintas universidades, todos estamos en un proceso de aprendizaje muy similar y especial.
En cuanto a la otra parte de la tarea(Hablar sobre técnicas aprendidas) ,le dire que en lo que llevo este semestre he perfeccionado la técnica de PCR y la digestión de vectores (de ambas cosas he hablado en blogs anteriores), como parte de mi experimento he tenido que repetir ambas cosas hasta lograr el resultado deseado. Muchas veces cambiando cosas mínimas que uno piensa que no afectan y a veces hasta un minuto extra hace la diferencia en muchas de estas técnicas. Otro equipo que aprendí a utilizar fue el de sacarle fotos a las geles de agarosa, ya que estas se estudian en luz UV y hay un equipo especial para fotografíarlas. Además, he desarrollado mejores técnicas de escritura en la libreta de laboratorio y estoy aprendiendo a organizarme.
Hasta luego!
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Etiquetas: bio-minds, bioblog, biominds, Melody Marie
Los retos de la investigacion
Saludos;
Como estudiante haciendo research debo admitir que este no seria mi primer mes de experiencia, aunque es ahora que estoy empezando a tener mi proyecto como tal y a entender mucho mejor como funciona la investigacion sub-graduada como tal. En la investigacion en la cual estoy trabajando se investiga como utilizar proteinas (en este caso hCen1,hCen2 &hSfi1) para lograr terapias anticancer mas efectivas. Mi rol en la investigacion como mencione antes es en el area biologico; yo junto con Ana Maria diseñamos los primers y digerimos los vectores que luego son insertados en las bacterias para que expresen nuestra proteina de interes. En estos instantes de la investigacion nos encontramos determinando todavia las condiciones ideales para lograr que nuestro pedazo de interes sea clonado idoneamente.
Aqui le incluyo algunos links que le pueden ser de utilidad para entender mucho de lo descrito en este y blogs anteriores:
- http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/index.html
-www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/polymerase.html
-http://lib.bioinfo.pl/auth:PastranaRios,B.
En cuanto a los obstaculos encontrados, creo que me he dado cuenta que uno no puede esperar que de primer intento te salga el experimento correctamente bien, pero que con los errores aprendemos y podemos descubrir nuevas cosas. Creo que hacer investigacion es una experiencia llena de aprendizaje; que nos enseña trabajo en equipo, a ampliar nuestros horizontes, a aprender de nuestros errores, a sacarle provecho y aprender de toda experiencia que se nos ofrece. Tenemos la oportunidad de compartir con personas de mayor conocimiento en muchas areas en las que nosotros somos menos educados, es un compartir de conocimiento en el que todos aportamos.
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